خص الكاتب هذه الدراسة بالمنهج العقلي الذي سلكته طائفة من متأخري المفسرين في مصر. وتبدأ تلك المدرسة الحديثة بجمال الدين الأفغاني ثم تلميذه محمد عبده ثم تلاميذهما كرشيد رضا ومصطفى المراغي وفريد وجدي ومحمود شلتوت وعبد العزيز جاويش وغيرهم. وقد دعا الكاتب إلى هذا الموضوع كون هذا المنهج هو أهم وأخطر المناهج المخلوطة في التفسير كالمنهج العلمي والأدبي والاجتماعي وما شابه؛ فهذا المنهج يعطي للعقل مرتبة تضاهي مرتبة الوحي، ورجاله لا تحوم حولهم الشبهات عند بعض الناس مما دفع الكاتب لإظهار حقيقتهم وإبطال منهجهم. وتظهر أهمية هذا الموضوع في معالجته لخطورة قيام هذه المدرسة بتأويل حقائق العقيدة الإسلامية بما يتماشى مع الأحكام العقلية من جهة ومكتشفات الحضارة الغربية ونظرياتها العلمية من جهة أخرى، مع ما في ذلك من مجاراة للحضارة الغربية في مدنيتها الزائفة، ولقد كان لهذا أثره في انتشار مبادئهم في الفكر الإسلامي المعاصر. ولقد جاء منهج الكاتب استقرائيا مفصِّلا لقواعد هذه المدرسة وأعلامها، مع تحليل هذه المواقف وفقا لميزان تفسير السلف. وقد جاء الكتاب مبسوطا في مجلدين متألفا من تمهيد وستة أبواب. كان الحديث في التمهيد عن نشأة المنهج العقلي عند المتقدمين من المعتزلة، وكان ذلك من أثر نمو العلوم العقلية كالمنطق والفلسفة مع توسع الفتوحات الإسلامية وكثرة ترجمة كتب البلاد المفتوحة لا سيما الفلسفة اليونانية. ثم تناول الكاتب في الباب الأول تسعة من رجال هذه المدرسة من حيث نشأتهم وأنشطتهم وتفاسيرهم، كل على حدة. ثم فصَّل في الباب الثاني في الأسس التي يقوم عليها منهج المدرسة العقلية الحديثة في التفسير كالتقليل من شأن التفسير بالمأثور وذم التقليد وإنكاره. وفي الباب الثالث كان الحديث عن آراء المدرسة العقلية الحديثة في بعض علوم القرآن، وقد تخير منها الكاتب ترجمة القرآن والقصة في القرآن وإعجاز القرآن. واسترسل في الباب الرابع في ذكر آرائهم من بعض القضايا القرآنية كالوحي والبعث والقضاء والقدر والمعجزات وأصل الإنسان والملائكة والجن. وذكر الكاتب في الباب الخامس نماذج من تأويل هذه المدرسة لآيات من القرآن. وجاء الباب السادس عن أثر هذه المدرسة في الفكر الإسلامي الحديث وموقف علماء المسلمين والمستشرقين منها. ولقد اكتفى المؤلف في التخريج الحديثي بذكر الباب والفصل دون رقم الحديث أو الصفحة. ولم ينقسم الكتاب إلى جزء نظري وآخر تطبيقي بل كان الكاتب دائما يأتي بالأمثلة عقب التأصيل النظري؛ بل إنه استفاض من النقل عن كتب هذه المدرسة كأن كتابه تجميع لما في تفاسيرهم، ولعل هذا هو ما أطال الكتاب.