تقوم هذه الموسوعة بجمع الآيات المتعلقة بالموضوع القرآني، لتكون محلا للدراسة ولبيان وجهة القرآن في الموضوع المدروس من خلالها. تهدف هذه الموسوعة إلى عرض موجز لأهم موضوعات القرآن الكريم، مع الإسهام في إيجاد مشاريع علمية يشترك فيها المتخصصون في الدراسات القرآنية. وهي تستهدف فئتين من الناس: الأولى: المتخصصون في مجال الدراسات القرآنية؛ من أساتذة الجامعات والكليات، والمعاهد العلمية، وطلاب الدراسات العليا، والباحثين في المراكز البحثية. الثانية: غير المتخصصين؛ من الدعاة إلى الله، وأئمة المساجد، وخطباء الجمعة، وعامة الناس. وقد عُنيت موسوعة التفسير الموضوعي بدراسة أهم الموضوعات التي تحدث عنها القرآن الكريم، والتي بلغ عددها في طبعتها الأولى (354) موضوعا، يتم دراستها وفق منهجية علمية معتمدة في الجامعات الإسلامية، بشكل موجز، يعرض لأهم القضايا المتعلقة بهذا الموضوع. وأما ضابط الموضوع القرآني: فهو أن يكون موضوعًا تحدث عنه القرآن؛ إما بألفاظه الصريحة، أو بمعانيه، ويدخل في ذلك الأعلام أو الأقوام الذين تحدث عنهم القرآن. ولا يدخل في نطاق الموسوعة دراسة المصطلح القرآني، أو الأساليب القرآنية. وقد روعي في ترتيب الموضوعات أن يكون الترتيب في النسخة الورقية ترتيبا ألفبائيا، حتى يسهل الوصول إلى الموضوع. وإضافة للنسخة الورقية فهناك الموقع الإلكتروني، الذي جعل الترتيب على ثلاث خيارات: حسب الأحرف، وحسب المجلدات، وحسب الموضوعات الرئيسة. كما ذُكر في نهاية كل موضوع الموضوعات ذات الصلة به. وفي المواضع المشتركة بين بحثين أو أكثر: يتم الإحالة من الموضع المختصر إلى المطول، فمثلًا أحيل في بحث الإنسان في موضوع خلق آدم عليه السلام إلى بحث آدم عليه السلام: مراحل خلق آدم. وإذا كان في كلا الموضعين فائدة مختلفة أحيل في كل منهما إلى الآخر. يتكون هيكل بحوث موسوعة التفسير الموضوعي من مباحث، وتحتها مطالب، وبدون فيه فصول أو أبواب. الفهرس المطلوب هو فهرس المراجع والمصادر فقط، ترتب مراجعه بالحروف، ويذكر في كل مرجع المعلومات الآتية على الترتيب: اسم الكتاب، والمؤلف، ودار النشر، وسنة النشر، ورقم الطبعة إن وجد، ومكان النشر. يخصص المبحث الأول من بحوث الموسوعة للتعريف بموضوع البحث لغة واصطلاحا، وطريقة القرآن في استعمال هذا المصطلح، وذكر الفرق بينه وبين المصطلحات القريبة منه، وكذلك المصطلحات المقابلة له. ويتم تلخيص المهم من كلام أئمة اللغة عند تعريف المصطلح لغة، مما له علاقة بموضوع البحث، مع الإشارة إلى المعنى الأصلي لجذر الكلمة المراد شرحها، وعلاقة المعنى المراد في البحث بالمعنى الأصلي، وينبغي الاستفادة من كتب غريب القرآن. وتمتاز الموسوعة بعدة ميزات؛ فقد كتبها مجموعة من الباحثين المميزين، ويحكِّمها نخبة من المتخصِّصين في الدراسات القرآنية وفق المعايير العلمية المتعارف عليها؛ ومنها أنه: لابد أن يغلب على البحث الطابع القرآني، فتستمد عناوينه من آيات القرآن الكريم، ويغلب على مصادره كتب الدراسات القرآنية. وتصاغ عناوين البحث بطريقة علمية سليمة. كما يستعان بالقراءات القرآنية المتواترة في دراسة موضوع البحث. ويراعى عند البحث دفع ما يوهم الاختلاف والتعارض بين آيات الموضوع الواحد، أو بينها وبين أصول قرآنية أو نبوية أخرى ذات صلة ما بالموضوع. مع حمل النص المطلق على المقيد، والعام على الخاص، والمجمل على المبين. والتركيز على إبراز الجوانب التي عالجها القرآن في موضوع البحث، وبيان أهميتها وتأثيرها، وعلاقتها بمقاصد القرآن الكريم. إضافة إلى عدم التوسع في ذكر الأحكام الفقهية، أو النكت البلاغية، أو الفوائد النحوية، أو غير ذلك مما يخرج البحث عن مقصوده، وإنما يذكر منها ما تدعو الحاجة إليه. مع ربط البحث بالواقع الذي نعيشه اليوم، عند وجود مناسبة لذلك؛ كالتعرض للنظريات المخالفة للمنهج القرآني في موضوع البحث، كنظرية داروين، أو غيرها، والرد عليها باختصار. ومن القواعد كذلك تجنب الأقوال الشاذة في التفسير، والاكتفاء بالأقوال المحتملة القريبة، عدم الاستشهاد بالأحاديث الضعيفة أو الموضوعة، والاكتفاء بالأحاديث الصحيحة والحسنة. مع تجنب الإطالة في النصوص المنقولة، وإن كان لابد فتختصر، وإلا فالأصل تجنب الإسراف في الكلام الإنشائي الخطابي، وإنما تركز العبارة وتختصر بما يناسب العمل الموسوعي.