يعد كتاب الهداية شرحا لمتن واختصارا لكتاب في وقت واحد؛ وهو مصنَّف ضمن أهم مدونات المذهب الحنفي. وقد دفع المؤلف إلى تصنيفه في أول الأمر أن خطر بباله أن يؤلف كتابًا في الفقه جامعا لأنواع المسائل وصغيرا في الحجم. وكان من متون المذهب المشتهرة إذ ذاك كتابان: الأول: "مختصر القدوري" للإمام أبي الحسين أحمد بن محمد القدوري. والثاني: "الجامع الصغير" للإمام محمد بن الحسن الشيباني. فوقع اختيار المرغيناني على هذين الكتابين وجمع مسائلهما في كتاب سماه "بداية المبتدي"، اختار فيه ترتيب "الجامع الصغير"، ثم وفق لشرح هذا الكتاب، فشرحه شرحا طويلا في نحو ثمانين مجلدة وسماه "كفاية المنتهي"، ولما كاد يفرغ منه تبين له فيه الإطناب، وخشي أن يهجر لأجله الكتاب، أخرجه مختصرا لطيفا وافيا في الحسن والتقدير والضبط والإتقان والتحرير وسماه الهداية، والذي وُضعَ له القبول بين فقهاء المذهب الحنفي. ولبيان أهمية كتاب الهداية يقول العلامة البدر العيني -شارح الهداية- في مطلع شرحه "البناية": "إن كتاب الهداية قد تباهجت به علماء السلف، وتفاخرت به فضلاء الخلف، حتى صار عمدة المدرسين في مدارسهم، وفخر المصدرين في مجالسهم، فلم يزالوا مشتغلين به في كل زمان، ويتدارسونه في كل مكان، وذلك لكونه حاويا لكنز الدقائق، وجامعا لرمز الحقائق، ومشتملا على مختار الفتاوى، ووافيا بخلاصة أسرار الحاوي، كافيا في إحاطة الحادثات، وشافيا في أجوبة الواقعات، موصولا في قواعد عجيبة، ومفصلا على قواعد غريبة، وماشيا على أصول مبنية، وفصول رصينة، ومسائل غريزة، وترتيب أنيق، وترکيب حقيق". ويهدف الكتاب إلى جمع مسائل الفقه الحنفي، كما اهتم بذكر الاختلاف بين الإمام الأكبر وصاحبيه وما فيه من اختلاف الروايات عنهم. وكذلك يذكر أقوال مشايخ المذهب المعتبرين في كثير من المسائل مما يجعل للكتاب مكانة علمية بين كتب المذهب بخاصة. وقد سلك المصنف في كتابه منهجا مقارَنا حيث قارن بين المذهب الحنفي وغيره من المذاهب فاهتم بذكر خلاف المذاهب الأخرى في كثير من مسائله مما يجعله في عداد كتب الفقه المقارن. ومن آثار هذا المتن العظيمة وشهرته العميمة أن تناوله العديد من العلماء بالشرح والتعقيب والحواشي على متنه، وتخريج أحاديثه، ونظم متنه، وذكر صاحب "الكشف" من شروح "الهداية" والتعليقات عليها والتخاريج لأحاديثها ما يجاوز ستين كتابًا، ولو ضممنا ما صنف بعد صاحب الكشف لصار العدد أزيد بكثير. وللمصنف أسلوب في تأليفه أنه يؤخر دليل المذهب الذي هو المختار عنده ليقع المؤخر بمنزلة الجواب عن المقدم، وإن كان قدم القوي في الأكثر عند نقل الأقوال. وإذا ذكر الأصل فإنه يريد "المبسوط" للشيباني، أما إذا ذكر "المختصر" فإنما يريد مختصر القدوري. وقد جاء الشرح في ثمانية مجلدات احتوت على الكتب التالية: الطهارات، الصلاة، الزكاة، الصوم، ‏الحج، النكاح، الرضاع، الطلاق، العتاق، الأيمان، الحدود، السرقة، السير، الشركة، الوقف، البيوع، الصرف، الكفالة، الحوالة، أدب ‏القاضي، الشهادات، الرجوع عن الشهادة، الوكالة، العارية، الهبة، ‏الإجارات، المكاتب، الولاء، الإكراه، الحجر، المأذون، الغصب، ‏الشفعة، القسمة، المزارعة، المساقاة، الذبائح، الأضحية، الكراهية، ‏احياء الموات، الأشربة، الصيد، الرهن، الجنايات، الديات، المعاقل، ‏الوصايا، الخنثى. ومما يميز الكتاب حواشي العلامة اللكنوي عليه وهو المعروف بضبط الألفاظ والشرح الوافي للمعاني وتبيين الأحكام الفقهية والحديث عن رجال الإسناد إضافة إلى كثرة المصادر.