تعنى المراحل التخصصية بالتدرج في التخصص في دراسة القرآن وعلومه؛ وذلك من خلال التعمق في مختلف المحاور كالتمكن من دراسة أحكام التجويد مع الجمع بين التراث الصوتي العربي القديم والدرس الصوتي الحديث. كذا إتقان القواعد التي يعتمد عليها المفسرون في تفسيرهم للقرآن وفهمه، حتى الوصول إلى كتب علوم القرآن الجامعة. مما يقود إلى التعامل مع كتب التفسير بالرأي بعد شوط من القراءة في كتب التفسير بالمأثور، وكذلك استحضار أقوال المفسرين قديما وحديثا واستلهام الفوائد والعبر، وتوظيفها في التربية والإرشاد والدعوة. وتنقسم المستويات التخصصية إلى ثلاثة مستويات