بعد فراغه من مرحلة التأسيس، يشرع الدارس في هذه المرحلة في التعمق في دراسة القرآن وعلومه، تعمقا يضعه على سبيل التخصص والإتقان.

ففي محور تعاهد القرآن تلاوة وتدبرا وحفظا، يتم الدارس حفظ باقي كتاب الله تعالى – وهو شطره - حفظا متقنا، مع تمييز المتشابه، ويتعمق في دراسة أحكام التجويد جامعا في منهجيته بين التراث الصوتي العربي القديم والدرس الصوتي الحديث.

وفي أصول التفسير وقواعده يلم الدارس بالقواعد التي يعتمد عليها المفسرون في تفسيرهم للقرآن وفهمه.

ويتعمق الدارس في هذا المستوى في موضوعات علوم القرآن على نحو أكثر تفصيلا، ويتوسع في دراسة أسباب النزول.

وبعد أن أتم الدارس في المرحلة التأسيسية مطالعة مصدر معتمد في التفسير بالمأثور، يطلع في هذه المرحلة على جملة من التفاسير التي جمعت بين الرواية والدراية، فيطالع كتابين إلى ثلاثة بمنهجيات متنوعة في التفسير للإفادة والتوسع، مستحضرا الضوابط التي اكتسبها في دراسته في المستويين الأوّلين. وأثناء دراسته للتفسير يستعين الدارس بكتب إعراب القرآن لِيَأْلَفَ الإعراب ويساعده على فهم كتاب الله.

ومن خلال دراسته للمختار من التفاسير المعاصرة، يكتسب الدارس القدرة على استخراج العبر والعظات من كتاب الله وتنزيلها على واقعنا المعاصر.

ويرتقي الدارس في صلته بالقرآن الكريم من خلال تناوله بالدراسة التحليلية التأملية مواضع من كتاب الله، وكذلك من خلال دراسته التفصيلية لجوانب من إعجاز القرآن وأمثال القرآن. 

ويرجى للدارس في هذا المستوى أن يتمكن من استحضار قصص القرآن واستلهام الفوائد والعبر منها، وتوظيفها في التربية والإرشاد والدعوة.

‍